Tomáš Matuška je od roku 2013 vedoucím oddělení Energetické systémy budov Univerzitního centra energeticky efektivních budov ČVUT. Působí také jako docent na Ústavu techniky prostředí Fakulty strojní ČVUT v Praze. Zabývá se výzkumem v oblasti solární tepelné techniky, tepelných čerpadel a pokročilých systémů využívajících obnovitelné zdroje energie. Vede řadu národních projektů výzkumu a vývoje a aktivně se účastní i mezinárodních projektů.